接下来进入近现代的故事。
被选为3000年前胎儿的替代品的小哥，被拥戴成了张家的信仰，受到了最优质的教育和训练。
但这一切，被汪家人得知后，加以了利用，他们利用和公布了小哥的真实身份，轻而易举便瓦解了张家对长生的信仰，击溃了张家核心的凝聚力，从此，张家开始分裂。
而小哥，也在这时候瞬间从神坛被拉下来，被视作一个丑闻剩下的垃圾，丢给了家族里的某个人抚养，在古墓里从事暗无天日的工作。
张家内乱愈演愈烈，在泗州古城发生了一次刺杀张家族长的行动。
张家族长被杀后，族长重要的信物六角铃铛也一同被埋在了古城之下。
《失落的笔记》张南星的身世，即设定为在泗州古城中被暗杀的张家族长的外孙女。设定与张家族长一起被暗杀的，还有已经足月接近分娩的族长夫人，族长夫人在临死前将孩子生了出来，并托付最信任心腹带着刚出生的孩子逃离泗州古城，将孩子带出国抚养长大。
这个孩子，就是张南星的母亲张尔雅。
为了取回族长的信物，张家人再次进入泗州古城。同时，小哥以及其他拥有麒麟血的孩子被当作采血和苦力，用他们的麒麟血来驱散淤泥中的尸虫，其中有不少孩子血枯而亡。
但张家人失败了，他们触发了族长的六角铃铛，产生了幻觉，互相残杀，全部死在了墓里。
小哥因为失血过多，没有进入古墓深层而幸免于难。
族长信物无法取回，张家在前所未有的混乱下，没有人再愿意成为张家族长。这时候，张家人再次想到了小哥，让小哥成为了危机下张家的替罪羊。
《藏海花》引子中三叔描写了小哥继任族长时的场景：
“他们会选你作为起灵人。”
“将所有的一切，加诸在你的身上。在你之后，再没有人可以接替。”
老人剪掉油灯的点灯芯。
“时光很长，你将首先失去自己的过去，你也会学会忘掉自己的未来。”
小哥在成为张起灵后，在他13岁那年，和放野的孩子一起，再次回到了泗州古城，取回了族长铃铛，进入了张家古楼的房间中，知道了张家的使命和目的，也知道了“终极”的存在，从此，他开始履行张家人的使命。
1950年左右，小哥来到墨脱的喇嘛庙，并前往了康巴落，在前往康巴落前，他告诉德仁喇嘛，十年之后，他会再来找他。
而这一切，被汪家的监视者所看到了，他们将最后一任德仁喇嘛杀害，张家在西藏的联络人机制也从此被破坏。
1950~1960期间，小哥在墨脱的青铜门后守护了10年。墨脱的青铜门是张家人的复制品，目的是为了掩护长白山深处的青铜门。
1960年，小哥从雪山归来，重返喇嘛庙，并将雪山中发生的一切，告诉了一位老喇嘛。
1961年，在院子里学习“想”一年后，他被带进了那个房间，见到了自己的母亲。
三日静寂。
小哥时间线的故事告一段落。
我们再来看老九门这边的故事。
1950年左右，吴家初探血尸墓，并且从里面带出一份战国帛书，盗墓笔记的第一个故事从这里开始。
而后，这份战国帛书被裘德考骗走，裘德考骗得帛书后，回美国前将长沙所有盗墓贼的信息全部出卖。
随之而来的，是一场对长沙盗墓贼的清洗。当时担任长沙布防官的，正是老九门之首张启山。
张启山亲自督办了这次清洗，长沙城的盗墓贼几乎全军覆没，老九门也从此没落。吴老狗散尽家财逃到了杭州，并从此定居杭州。
张启山这次清洗，真实的目的，是为了从一种叫黑飞子的东西和他们背后的势力下，救出更多的人。
黑飞子是一种汪家训练的人蛇共生品，这是一种相当残忍的共生方式，黑毛锦蛇进入人的身体，他们会替代人的骨骼和脊柱，因而黑飞子能兼具人的智慧和蛇的敏捷，他们的痕迹很少会被发现。
吴老狗后来也察觉到了黑飞子的存在，他开始训练可以识别和对抗黑飞子的犬种。
并把自己的训练方法秘密传给了一个后生，为吴邪留下了世界上唯一一只能对抗黑飞子的黑背狗小满哥。
从这里开始，就已经为《沙海》中吴邪的反抗开始铺路了。
而张启山也在抗日胜利之后进入政界，他的背景使得他成了一个特别部门的总管。同时，他必须要找出张家人长寿的秘密。
张启山虽然完全不了解自己的主族张家，但自己父辈的记忆中怎么都会有一些印象，再加上在张家的书籍中或多或少都会有些记载，他知道了自己祖先的所有秘密都在张家古楼一一张家的群葬墓穴之中。
他需要找到张家古楼。
首先他开始了张起灵计划，寻找在战乱中已经完全不知所终的张家族长。
大量和张起灵同名同姓的人被找了过来，但是始终没有找到正主。
1965年左右，小哥主动找到了当时的老九门。
当时，张家最后留存的希望越来越渺茫，小哥带着秘密找到了老九门，加入史上最大盗墓行动，来换取老九门的帮助，希望借助老九门的力量来帮助张家，在这个动荡的时代共同守护这个秘密不被发现。
当时，老九门答应小哥，会轮流去守护这个秘密。
小哥因此加入九门的最大盗墓行动，成为了领头人。
那次史上最大的联合倒斗活动损失惨重，并导致了两个后果。
第一是张起灵的权威性受到了极大的质疑，整个组织分成了两派，有一派因为是被小哥所救，像霍老太这一批老九门中最聪明的，就力挺小哥，把小哥当成神灵一样来膜拜。另一派则把活动失败的所有责任全部推给了小哥。
小哥自己因为那次活动受了重伤，醒来的时候完全失去了记忆，被组织囚禁在了格尔木疗养院。
霍家因为和上头的联姻关系，在那段时间竭尽所能，保护了小哥的生命。
同时，“陈情派”组织已经开始在老九门二代中组建新的队伍。